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perl-bioperl-run rpm build for : Fedora 13. For other distributions click perl-bioperl-run.

Name : perl-bioperl-run
Version : 1.6.1 Vendor : Fedora Project
Release : 3.fc13 Date : 2009-12-07 11:40:43
Group : Development/Libraries Source RPM : perl-bioperl-run-1.6.1-3.fc13.src.rpm
Size : 1.62 MB
Packager : Fedora Project
Summary : Modules to provide a Perl interface to various bioinformatics applications
Description :
Bioperl-run contain modules that provide a Perl interface to various
bioinformatics applications. This allows various applications to be
used with common Bioperl objects.

RPM found in directory: /packages/linux-pbone/archive.fedoraproject.org/fedora/linux/releases/13/Everything/i386/os/Packages

Content of RPM  Changelog  Provides Requires

Download
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3.fc13.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3.fc13.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3.fc13.noarch.rpm
     

Provides :
perl(Bio::Factory::EMBOSS)
perl(Bio::Installer::Clustalw)
perl(Bio::Installer::EMBOSS)
perl(Bio::Installer::Generic)
perl(Bio::Installer::Hyphy)
perl(Bio::Installer::Muscle)
perl(Bio::Installer::PAML)
perl(Bio::Installer::Probcons)
perl(Bio::Installer::SLR)
perl(Bio::Installer::TCoffee)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Amap)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Blat)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::DBA)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Proda)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Job)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Job::soap)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Utils)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::soap)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap)
perl(Bio::Tools::Run::Cap3)
perl(Bio::Tools::Run::Coil)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSacd)
perl(Bio::Tools::Run::ERPIN)
perl(Bio::Tools::Run::Ensembl)
perl(Bio::Tools::Run::Eponine)
perl(Bio::Tools::Run::FootPrinter)
perl(Bio::Tools::Run::Genemark)
perl(Bio::Tools::Run::Genewise)
perl(Bio::Tools::Run::Genscan)
perl(Bio::Tools::Run::Glimmer)
perl(Bio::Tools::Run::Hmmer)
perl(Bio::Tools::Run::Infernal)
perl(Bio::Tools::Run::MCS)
perl(Bio::Tools::Run::Match)
perl(Bio::Tools::Run::Mdust)
perl(Bio::Tools::Run::Meme)
perl(Bio::Tools::Run::Phrap)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Gumby)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::LVB)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Njtree::Best)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Baseml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Evolver)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::QuickTree)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::SLR)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy)
perl(Bio::Tools::Run::Primate)
perl(Bio::Tools::Run::Primer3)
perl(Bio::Tools::Run::Prints)
perl(Bio::Tools::Run::Profile)
perl(Bio::Tools::Run::Promoterwise)
perl(Bio::Tools::Run::Pseudowise)
perl(Bio::Tools::Run::RNAMotif)
perl(Bio::Tools::Run::RepeatMasker)
perl(Bio::Tools::Run::Seg)
perl(Bio::Tools::Run::Signalp)
perl(Bio::Tools::Run::Simprot)
perl(Bio::Tools::Run::TigrAssembler)
perl(Bio::Tools::Run::Tmhmm)
perl(Bio::Tools::Run::TribeMCL)
perl(Bio::Tools::Run::Vista)
perl(Bio::Tools::Run::tRNAscanSE)
perl-bioperl-run

Requires :
perl(Getopt::Long)
perl(Bio::Factory::ApplicationFactoryI)
perl(Bio::Tools::Prints)
perl(Bio::Factory::ObjectFactory)
perl(File::Spec)
perl(Exporter)
perl(Config)
perl(Bio::Tools::Genscan)
perl(Bio::Tools::AnalysisResult)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication)
perl(ExtUtils::MakeMaker)
perl(English)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Exon)
perl(Bio::Search::HSP::GenericHSP)
perl(warnings)
perl(Bio::Species)
perl(Bio::Installer::Generic)
perl(Bio::Seq)
perl(Bio::Matrix::PhylipDist)
perl(LWP)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSacd)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist)
perl(IPC::Run)
perl(Bio::Tools::FootPrinter)
perl(Bio::Tools::RepeatMasker)
perl(Bio::AnalysisI)
perl(Bio::Tools::Phylo::Gerp)
perl(Bio::Tools::Coil)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Transcript)
perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base)
perl(Bio::Tools::Phylo::PAML)
perl(Bio::Tools::Match)
perl(Bio::Annotation::DBLink)
perl(Bio::Root::Root)
perl(Bio::Tools::Eponine)
perl(Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist)
rpmlib(FileDigests) <= 4.6.0-1
rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1
perl(Bio::Tools::Pseudowise)
perl(Bio::FeatureIO)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base)
perl(IO::String)
perl(Bio::Tools::Tmhmm)
perl(File::Copy)
perl(base)
perl(Bio::TreeIO)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis)
perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)
perl(HTTP::Request::Common)
perl(Bio::Root::IO)
perl(Bio::Tools::Profile)
perl(Bio::Tools::Sim4::Results)
perl(Bio::Tools::Phylo::Molphy)
perl(Bio::Tools::Phylo::Gumby)
perl(:MODULE_COMPAT_5.10.1)
perl(Bio::SeqIO)
perl(vars)
perl(Bio::DB::EUtilities)
perl(Bio::Tools::Run::WrapperBase)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit)
perl(Bio::Tools::Primer3)
perl(Bio::Assembly::IO)
/usr/bin/perl
perl(Bio::Tools::Signalp)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf)
perl(Bio::Tools::Genemark)
perl(Bio::Tools::Glimmer)
perl(Bio::SeqFeature::Generic)
perl(Bio::Tools::GFF)
rpmlib(PayloadIsXz) <= 5.2-1
perl(Data::Dumper)
perl(Bio::Map::Prediction)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory)
perl(Bio::AlignIO)
perl => 0:5.005_62
perl(Bio::Tools::Promoterwise)
perl(Bio::Tools::Seg)
perl(Bio::Factory::AnalysisI)
perl(Bio::Matrix::IO)
perl(Bio::WebAgent)
perl(Bio::SearchIO)
perl(Bio::Map::Position)
perl(Getopt::Std)
perl(Bio::SimpleAlign)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor)
perl(Clone)
rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1
perl(Bio::Tools::tRNAscanSE)
perl(File::Basename)
perl(Cwd)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure)
perl(Bio::Annotation::SimpleValue)
perl(Bio::Tools::Genewise)
perl(strict)


Content of RPM :
/usr/bin/bp_bioperl_application_installer.pl
/usr/bin/bp_multi_hmmsearch.pl
/usr/bin/bp_panalysis.pl
/usr/bin/bp_papplmaker.pl
/usr/bin/bp_run_neighbor.pl
/usr/bin/bp_run_protdist.pl
/usr/share/doc/perl-bioperl-run-1.6.1
/usr/share/doc/perl-bioperl-run-1.6.1/AUTHORS
/usr/share/doc/perl-bioperl-run-1.6.1/Changes
/usr/share/doc/perl-bioperl-run-1.6.1/INSTALL
/usr/share/doc/perl-bioperl-run-1.6.1/INSTALL.PROGRAMS
/usr/share/doc/perl-bioperl-run-1.6.1/README
/usr/share/man/man1/bp_bioperl_application_installer.pl.1.gz
/usr/share/man/man1/bp_multi_hmmsearch.pl.1.gz
/usr/share/man/man1/bp_panalysis.pl.1.gz
/usr/share/man/man1/bp_papplmaker.pl.1.gz
/usr/share/man/man1/bp_run_neighbor.pl.1.gz
/usr/share/man/man1/bp_run_protdist.pl.1.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Factory::EMBOSS.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::Clustalw.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::EMBOSS.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::Generic.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::Hyphy.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::Muscle.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::PAML.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::Probcons.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::SLR.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Installer::TCoffee.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Tools::Run::Alignment::Amap.3pm.gz
/usr/share/man/man3/Bio::Tools::Run::Alignment::Blat.3pm.gz
There is 193 files more in these RPM.

  
ICM