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perl-bioperl rpm build for : Fedora 15. For other distributions click perl-bioperl.

Name : perl-bioperl
Version : 1.6.1 Vendor : Fedora Project
Release : 7.fc15 Date : 2011-03-01 22:08:56
Group : Development/Libraries Source RPM : perl-bioperl-1.6.1-7.fc15.src.rpm
Size : 15.17 MB
Packager : Fedora Project
Summary : Perl tools for computational molecular biology
Description :
BioPerl is a toolkit of Perl modules useful in building bioinformatics
solutions in Perl. It is built in an object-oriented manner so that
many modules depend on each other to achieve a task.

RPM found in directory: /packages/linux-pbone/archive.fedoraproject.org/fedora/linux/releases/15/Everything/i386/os/Packages

Content of RPM  Changelog  Provides Requires

Download
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-1.6.1-7.fc15.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-1.6.1-7.fc15.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-1.6.1-7.fc15.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-1.6.1-7.fc15.noarch.rpm
     

Provides :
perl(Bio::Align::AlignI)
perl(Bio::Align::DNAStatistics)
perl(Bio::AlignIO)
perl(Bio::AlignIO::arp)
perl(Bio::AlignIO::bl2seq)
perl(Bio::AlignIO::clustalw)
perl(Bio::AlignIO::emboss)
perl(Bio::AlignIO::fasta)
perl(Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler)
perl(Bio::AlignIO::largemultifasta)
perl(Bio::AlignIO::maf)
perl(Bio::AlignIO::mase)
perl(Bio::AlignIO::mega)
perl(Bio::AlignIO::meme)
perl(Bio::AlignIO::metafasta)
perl(Bio::AlignIO::msf)
perl(Bio::AlignIO::nexus)
perl(Bio::AlignIO::pfam)
perl(Bio::AlignIO::phylip)
perl(Bio::AlignIO::po)
perl(Bio::AlignIO::proda)
perl(Bio::AlignIO::prodom)
perl(Bio::AlignIO::psi)
perl(Bio::AlignIO::selex)
perl(Bio::AlignIO::stockholm)
perl(Bio::AlignIO::xmfa)
perl(Bio::Align::PairwiseStatistics)
perl(Bio::Align::ProteinStatistics)
perl(Bio::Align::StatisticsI)
perl(Bio::Align::Utilities)
perl(Bio::AnalysisI)
perl(Bio::AnalysisI::JobI)
perl(Bio::AnalysisParserI)
perl(Bio::AnalysisResultI)
perl(Bio::AnnotatableI)
perl(Bio::Annotation::AnnotationFactory)
perl(Bio::Annotation::Collection)
perl(Bio::AnnotationCollectionI)
perl(Bio::Annotation::Comment)
perl(Bio::Annotation::DBLink)
perl(Bio::AnnotationI)
perl(Bio::Annotation::OntologyTerm)
perl(Bio::Annotation::Reference)
perl(Bio::Annotation::Relation)
perl(Bio::Annotation::SimpleValue)
perl(Bio::Annotation::StructuredValue)
perl(Bio::Annotation::TagTree)
perl(Bio::Annotation::Target)
perl(Bio::Annotation::Tree)
perl(Bio::Annotation::TypeManager)
perl(Bio::Assembly::Contig)
perl(Bio::Assembly::ContigAnalysis)
perl(Bio::Assembly::IO)
perl(Bio::Assembly::IO::ace)
perl(Bio::Assembly::IO::phrap)
perl(Bio::Assembly::IO::tigr)
perl(Bio::Assembly::Scaffold)
perl(Bio::Assembly::ScaffoldI)
perl(Bio::Assembly::Singlet)
perl(Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum)
perl(Bio::Biblio)
perl(Bio::Biblio::Article)
perl(Bio::Biblio::BiblioBase)
perl(Bio::Biblio::Book)
perl(Bio::Biblio::BookArticle)
perl(Bio::Biblio::IO)
perl(Bio::Biblio::IO::medline2ref)
perl(Bio::Biblio::IO::medlinexml)
perl(Bio::Biblio::IO::pubmed2ref)
perl(Bio::Biblio::IO::pubmedxml)
perl(Bio::Biblio::Journal)
perl(Bio::Biblio::JournalArticle)
perl(Bio::Biblio::MedlineArticle)
perl(Bio::Biblio::MedlineBook)
perl(Bio::Biblio::MedlineBookArticle)
perl(Bio::Biblio::MedlineJournal)
perl(Bio::Biblio::MedlineJournalArticle)
perl(Bio::Biblio::Organisation)
perl(Bio::Biblio::Patent)
perl(Bio::Biblio::Person)
perl(Bio::Biblio::Proceeding)
perl(Bio::Biblio::Provider)
perl(Bio::Biblio::PubmedArticle)
perl(Bio::Biblio::PubmedBookArticle)
perl(Bio::Biblio::PubmedJournalArticle)
perl(Bio::Biblio::Ref)
perl(Bio::Biblio::Service)
perl(Bio::Biblio::TechReport)
perl(Bio::Biblio::Thesis)
perl(Bio::Biblio::WebResource)
perl(Bio::Cluster::ClusterFactory)
perl(Bio::Cluster::FamilyI)
perl(Bio::ClusterI)
perl(Bio::ClusterIO)
perl(Bio::ClusterIO::dbsnp)
perl(Bio::ClusterIO::unigene)
perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)
perl(Bio::Cluster::UniGene)
perl(Bio::Cluster::UniGeneI)
perl(Bio::CodonUsage::IO)
perl(Bio::CodonUsage::Table)
perl(Bio::Coordinate::Chain)
perl(Bio::Coordinate::Collection)
perl(Bio::Coordinate::ExtrapolatingPair)
perl(Bio::Coordinate::GeneMapper)
perl(Bio::Coordinate::Graph)
perl(Bio::Coordinate::MapperI)
perl(Bio::Coordinate::Pair)
perl(Bio::Coordinate::Result)
perl(Bio::Coordinate::Result::Gap)
perl(Bio::Coordinate::ResultI)
perl(Bio::Coordinate::Result::Match)
perl(Bio::Coordinate::Utils)
perl(Bio::Das::FeatureTypeI)
perl(Bio::DasI)
perl(Bio::Das::SegmentI)
perl(Bio::DB::Ace)
perl(Bio::DB::Biblio::biofetch)
perl(Bio::DB::Biblio::eutils)
perl(Bio::DB::BiblioI)
perl(Bio::DB::Biblio::soap)
perl(Bio::DB::BioFetch)
perl(Bio::DB::CUTG)
perl(Bio::DB::DBFetch)
perl(Bio::DB::EMBL)
perl(Bio::DB::EntrezGene)
perl(Bio::DB::EUtilities)
perl(Bio::DB::Expression)
perl(Bio::DB::Expression::geo)
perl(Bio::DB::Failover)
perl(Bio::DB::Fasta)
perl(Bio::DB::Fasta::Stream)
perl(Bio::DB::Fasta::Subdir)
perl(Bio::DB::FileCache)
perl(Bio::DB::Flat)
perl(Bio::DB::Flat::BDB)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::embl)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::fasta)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::genbank)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::swiss)
perl(Bio::DB::Flat::BinarySearch)
perl(Bio::DB::GenBank)
perl(Bio::DB::GenericWebAgent)
perl(Bio::DB::GenPept)
perl(Bio::DB::GFF)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::ace)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch_oracle)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::faux_dbh)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlopt)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg_fts)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::alignment)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::clone)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::coding)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::gene)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::match)
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perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::orf)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::processed_transcript)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::so_transcript)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript)
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perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_ensgene)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_genscan)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_refgene)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22pseudo)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_softberry)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_twinscan)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_unigene)
perl(Bio::DB::GFF::Featname)
perl(Bio::DB::GFF::Feature)
perl(Bio::DB::GFF::Homol)
perl(Bio::DB::GFF::ID_Iterator)
perl(Bio::DB::GFF::RelSegment)
perl(Bio::DB::GFF::Segment)
perl(Bio::DB::GFF::Typename)
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perl(Bio::DB::GFF::Util::Rearrange)
perl(Bio::DB::HIV)
perl(Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor)
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perl(Bio::DBLinkContainerI)
perl(Bio::DB::LocationI)
perl(Bio::DB::MeSH)
perl(Bio::DB::NCBIHelper)
perl(Bio::DB::Qual)
perl(Bio::DB::Qual::Stream)
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perl(Bio::DB::Query::WebQuery)
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perl(Bio::DB::ReferenceI)
perl(Bio::DB::RefSeq)
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perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeature)
perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI)
perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Segment)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::bdb)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb3)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb::Iterator)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureFileLoader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF2Loader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::memory)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::memory::Iterator)
perl(Bio::DB::SeqHound)
perl(Bio::DB::SeqI)
perl(Bio::DB::SeqVersion)
perl(Bio::DB::SeqVersion::gi)
perl(Bio::DB::SwissProt)
perl(Bio::DB::Taxonomy)
perl(Bio::DB::Taxonomy::entrez)
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perl(Bio::DB::Taxonomy::list)
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perl(Bio::DB::Universal)
perl(Bio::DB::UpdateableSeqI)
perl(Bio::DB::WebDBSeqI)
perl(Bio::DescribableI)
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perl(Bio::Event::EventHandlerI)
perl(Bio::Expression::Contact)
perl(Bio::Expression::DataSet)
perl(Bio::Expression::FeatureGroup)
perl(Bio::Expression::FeatureGroup::FeatureGroupMas50)
perl(Bio::Expression::FeatureI)
perl(Bio::Expression::FeatureSet::FeatureSetMas50)
perl(Bio::Expression::Platform)
perl(Bio::Expression::ProbeI)
perl(Bio::Expression::Sample)
perl(Bio::Factory::AnalysisI)
perl(Bio::Factory::ApplicationFactoryI)
perl(Bio::Factory::DriverFactory)
perl(Bio::Factory::FTLocationFactory)
perl(Bio::Factory::LocationFactoryI)
perl(Bio::Factory::MapFactoryI)
perl(Bio::Factory::ObjectBuilderI)
perl(Bio::Factory::ObjectFactory)
perl(Bio::Factory::ObjectFactoryI)
perl(Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
perl(Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI)
perl(Bio::Factory::SequenceFactoryI)
perl(Bio::Factory::SequenceProcessorI)
perl(Bio::Factory::SequenceStreamI)
perl(Bio::Factory::TreeFactoryI)
perl(Bio::FeatureHolderI)
perl(Bio::FeatureIO)
perl(Bio::FeatureIO::bed)
perl(Bio::FeatureIO::gff)
perl(Bio::FeatureIO::gtf)
perl(Bio::FeatureIO::interpro)
perl(Bio::FeatureIO::ptt)
perl(Bio::FeatureIO::vecscreen_simple)
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perl(Bio::IdCollectionI)
perl(Bio::IdentifiableI)
perl(Bio::Index::Abstract)
perl(Bio::Index::AbstractSeq)
perl(Bio::Index::Blast)
perl(Bio::Index::BlastTable)
perl(Bio::Index::EMBL)
perl(Bio::Index::Fasta)
perl(Bio::Index::Fastq)
perl(Bio::Index::GenBank)
perl(Bio::Index::Hmmer)
perl(Bio::Index::Qual)
perl(Bio::Index::Stockholm)
perl(Bio::Index::SwissPfam)
perl(Bio::Index::Swissprot)
perl(Bio::LiveSeq::AARange)
perl(Bio::LiveSeq::Chain)
perl(Bio::LiveSeq::ChainI)
perl(Bio::LiveSeq::DNA)
perl(Bio::LiveSeq::Exon)
perl(Bio::LiveSeq::Gene)
perl(Bio::LiveSeq::Intron)
perl(Bio::LiveSeq::IO::BioPerl)
perl(Bio::LiveSeq::IO::Loader)
perl(Bio::LiveSeq::Mutation)
perl(Bio::LiveSeq::Mutator)
perl(Bio::LiveSeq::Prim_Transcript)
perl(Bio::LiveSeq::Range)
perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Region)
perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Unit)
perl(Bio::LiveSeq::SeqI)
perl(Bio::LiveSeq::Transcript)
perl(Bio::LiveSeq::Translation)
perl(Bio::LocatableSeq)
perl(Bio::Location::Atomic)
perl(Bio::Location::AvWithinCoordPolicy)
perl(Bio::Location::CoordinatePolicyI)
perl(Bio::Location::Fuzzy)
perl(Bio::Location::FuzzyLocationI)
perl(Bio::LocationI)
perl(Bio::Location::NarrowestCoordPolicy)
perl(Bio::Location::Simple)
perl(Bio::Location::Split)
perl(Bio::Location::SplitLocationI)
perl(Bio::Location::WidestCoordPolicy)
perl(Bio::Map::Clone)
perl(Bio::Map::Contig)
perl(Bio::Map::CytoMap)
perl(Bio::Map::CytoMarker)
perl(Bio::Map::CytoPosition)
perl(Bio::Map::EntityI)
perl(Bio::Map::FPCMarker)
perl(Bio::Map::Gene)
perl(Bio::Map::GeneMap)
perl(Bio::Map::GenePosition)
perl(Bio::Map::GeneRelative)
perl(Bio::MapIO)
perl(Bio::MapIO::fpc)
perl(Bio::MapIO::mapmaker)
perl(Bio::Map::LinkageMap)
perl(Bio::Map::LinkagePosition)
perl(Bio::Map::MapI)
perl(Bio::Map::Mappable)
perl(Bio::Map::MappableI)
perl(Bio::Map::Marker)
perl(Bio::Map::MarkerI)
perl(Bio::Map::Microsatellite)
perl(Bio::Map::OrderedPosition)
perl(Bio::Map::OrderedPositionWithDistance)
perl(Bio::Map::Physical)
perl(Bio::Map::Position)
perl(Bio::Map::PositionHandler)
perl(Bio::Map::PositionHandlerI)
perl(Bio::Map::PositionI)
perl(Bio::Map::PositionWithSequence)
perl(Bio::Map::Prediction)
perl(Bio::Map::Relative)
perl(Bio::Map::RelativeI)
perl(Bio::Map::SimpleMap)
perl(Bio::Map::TranscriptionFactor)
perl(Bio::Matrix::Generic)
perl(Bio::Matrix::IO)
perl(Bio::Matrix::IO::mlagan)
perl(Bio::Matrix::IO::phylip)
perl(Bio::Matrix::IO::scoring)
perl(Bio::Matrix::MatrixI)
perl(Bio::Matrix::Mlagan)
perl(Bio::Matrix::PhylipDist)
perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSite)
perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::mast)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::masta)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::meme)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::psiblast)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::transfac)
perl(Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix)
perl(Bio::Matrix::PSM::ProtPsm)
perl(Bio::Matrix::PSM::Psm)
perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeader)
perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI)
perl(Bio::Matrix::PSM::PsmI)
perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix)
perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI)
perl(Bio::Matrix::Scoring)
perl(Bio::MolEvol::CodonModel)
perl(Bio::Ontology::DocumentRegistry)
perl(Bio::Ontology::GOterm)
perl(Bio::Ontology::InterProTerm)
perl(Bio::OntologyIO)
perl(Bio::OntologyIO::dagflat)
perl(Bio::OntologyIO::goflat)
perl(Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler)
perl(Bio::OntologyIO::Handlers::InterPro_BioSQL_Handler)
perl(Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler)
perl(Bio::OntologyIO::InterProParser)
perl(Bio::OntologyIO::obo)
perl(Bio::OntologyIO::simplehierarchy)
perl(Bio::OntologyIO::soflat)
perl(Bio::Ontology::OBOEngine)
perl(Bio::Ontology::OBOterm)
perl(Bio::Ontology::Ontology)
perl(Bio::Ontology::OntologyEngineI)
perl(Bio::Ontology::OntologyI)
perl(Bio::Ontology::OntologyStore)
perl(Bio::Ontology::Path)
perl(Bio::Ontology::PathI)
perl(Bio::Ontology::Relationship)
perl(Bio::Ontology::RelationshipFactory)
perl(Bio::Ontology::RelationshipI)
perl(Bio::Ontology::RelationshipType)
perl(Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor)
perl(Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02)
perl(Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine)
perl(Bio::Ontology::Term)
perl(Bio::Ontology::TermFactory)
perl(Bio::Ontology::TermI)
perl(Bio::ParameterBaseI)
perl(Bio::Perl)
perl(Bio::Phenotype::Correlate)
perl(Bio::Phenotype::Measure)
perl(Bio::Phenotype::MeSH::Term)
perl(Bio::Phenotype::MeSH::Twig)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser)
perl(Bio::Phenotype::Phenotype)
perl(Bio::Phenotype::PhenotypeI)
perl(Bio::PopGen::Genotype)
perl(Bio::PopGen::GenotypeI)
perl(Bio::PopGen::HtSNP)
perl(Bio::PopGen::Individual)
perl(Bio::PopGen::IndividualI)
perl(Bio::PopGen::IO)
perl(Bio::PopGen::IO::csv)
perl(Bio::PopGen::IO::hapmap)
perl(Bio::PopGen::IO::phase)
perl(Bio::PopGen::IO::prettybase)
perl(Bio::PopGen::Marker)
perl(Bio::PopGen::MarkerI)
perl(Bio::PopGen::PopStats)
perl(Bio::PopGen::Population)
perl(Bio::PopGen::PopulationI)
perl(Bio::PopGen::Simulation::Coalescent)
perl(Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift)
perl(Bio::PopGen::Statistics)
perl(Bio::PopGen::TagHaplotype)
perl(Bio::PopGen::Utilities)
perl(Bio::PrimarySeq)
perl(Bio::PrimarySeq::Fasta)
perl(Bio::PrimarySeqI)
perl(Bio::PullParserI)
perl(Bio::Range)
perl(Bio::RangeI)
perl(Bio::Restriction::Analysis)
perl(Bio::Restriction::Enzyme)
perl(Bio::Restriction::EnzymeCollection)
perl(Bio::Restriction::EnzymeI)
perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut)
perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite)
perl(Bio::Restriction::IO)
perl(Bio::Restriction::IO::bairoch)
perl(Bio::Restriction::IO::base)
perl(Bio::Restriction::IO::itype2)
perl(Bio::Restriction::IO::prototype)
perl(Bio::Restriction::IO::withrefm)
perl(Bio::Root::Build)
perl(Bio::Root::Exception)
perl(Bio::Root::HTTPget)
perl(Bio::Root::IO)
perl(Bio::Root::Root)
perl(Bio::Root::RootI)
perl(Bio::Root::Storable)
perl(Bio::Root::Test)
perl(Bio::Root::Test::Warn)
perl(Bio::Root::Utilities)
perl(Bio::Root::Version)
perl(Bio::Search::BlastStatistics)
perl(Bio::Search::BlastUtils)
perl(Bio::Search::DatabaseI)
perl(Bio::SearchDist)
perl(Bio::Search::GenericDatabase)
perl(Bio::Search::GenericStatistics)
perl(Bio::Search::Hit::BlastHit)
perl(Bio::Search::Hit::BlastPullHit)
perl(Bio::Search::Hit::Fasta)
perl(Bio::Search::Hit::GenericHit)
perl(Bio::Search::Hit::HitFactory)
perl(Bio::Search::Hit::HitI)
perl(Bio::Search::Hit::HMMERHit)
perl(Bio::Search::Hit::HmmpfamHit)
perl(Bio::Search::Hit::ModelHit)
perl(Bio::Search::Hit::PsiBlastHit)
perl(Bio::Search::Hit::PullHitI)
perl(Bio::Search::HSP::BlastHSP)
perl(Bio::Search::HSP::BlastPullHSP)
perl(Bio::Search::HSP::FastaHSP)
perl(Bio::Search::HSP::GenericHSP)
perl(Bio::Search::HSP::HMMERHSP)
perl(Bio::Search::HSP::HmmpfamHSP)
perl(Bio::Search::HSP::HSPFactory)
perl(Bio::Search::HSP::HSPI)
perl(Bio::Search::HSP::ModelHSP)
perl(Bio::Search::HSP::PsiBlastHSP)
perl(Bio::Search::HSP::PSLHSP)
perl(Bio::Search::HSP::PullHSPI)
perl(Bio::Search::HSP::WABAHSP)
perl(Bio::SearchIO)
perl(Bio::SearchIO::axt)
perl(Bio::SearchIO::blast)
perl(Bio::SearchIO::blast_pull)
perl(Bio::SearchIO::blasttable)
perl(Bio::SearchIO::blastxml)
perl(Bio::SearchIO::cross_match)
perl(Bio::SearchIO::erpin)
perl(Bio::SearchIO::EventHandlerI)
perl(Bio::SearchIO::exonerate)
perl(Bio::SearchIO::fasta)
perl(Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder)
perl(Bio::SearchIO::gmap_f9)
perl(Bio::SearchIO::hmmer)
perl(Bio::SearchIO::hmmer_pull)
perl(Bio::SearchIO::infernal)
perl(Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder)
perl(Bio::SearchIO::megablast)
perl(Bio::SearchIO::psl)
perl(Bio::SearchIO::rnamotif)
perl(Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder)
perl(Bio::SearchIO::SearchWriterI)
perl(Bio::SearchIO::sim4)
perl(Bio::SearchIO::waba)
perl(Bio::SearchIO::wise)
perl(Bio::SearchIO::Writer::BSMLResultWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::GbrowseGFF)
perl(Bio::SearchIO::Writer::HitTableWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::HSPTableWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::HTMLResultWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter)
perl(Bio::SearchIO::XML::BlastHandler)
perl(Bio::SearchIO::XML::PsiBlastHandler)
perl(Bio::Search::Iteration::GenericIteration)
perl(Bio::Search::Iteration::IterationI)
perl(Bio::Search::Processor)
perl(Bio::Search::Result::BlastPullResult)
perl(Bio::Search::Result::BlastResult)
perl(Bio::Search::Result::CrossMatchResult)
perl(Bio::Search::Result::GenericResult)
perl(Bio::Search::Result::HMMERResult)
perl(Bio::Search::Result::HmmpfamResult)
perl(Bio::Search::Result::PullResultI)
perl(Bio::Search::Result::ResultFactory)
perl(Bio::Search::Result::ResultI)
perl(Bio::Search::Result::WABAResult)
perl(Bio::Search::SearchUtils)
perl(Bio::Search::StatisticsI)
perl(Bio::Search::Tiling::MapTileUtils)
perl(Bio::Search::Tiling::MapTiling)
perl(Bio::Search::Tiling::TilingI)
perl(Bio::Seq)
perl(Bio::SeqAnalysisParserI)
perl(Bio::Seq::BaseSeqProcessor)
perl(Bio::Seq::EncodedSeq)
perl(Bio::SeqEvolution::DNAPoint)
perl(Bio::SeqEvolution::EvolutionI)
perl(Bio::SeqEvolution::Factory)
perl(Bio::SeqFeature::Annotated)
perl(Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor)
perl(Bio::SeqFeature::Collection)
perl(Bio::SeqFeature::CollectionI)
perl(Bio::SeqFeature::Computation)
perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Exon)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::ExonI)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Intron)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::NC_Feature)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Promoter)
perl(Bio::SeqFeature::Generic)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Transcript)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::UTR)
perl(Bio::SeqFeatureI)
perl(Bio::SeqFeature::Lite)
perl(Bio::SeqFeature::PositionProxy)
perl(Bio::SeqFeature::Primer)
perl(Bio::SeqFeature::Similarity)
perl(Bio::SeqFeature::SimilarityPair)
perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Oligo)
perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Pair)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::FeatureNamer)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::IDHandler)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener)
perl(Bio::SeqFeature::TypedSeqFeatureI)
perl(Bio::SeqI)
perl(Bio::SeqIO)
perl(Bio::SeqIO::abi)
perl(Bio::SeqIO::ace)
perl(Bio::SeqIO::agave)
perl(Bio::SeqIO::alf)
perl(Bio::SeqIO::asciitree)
perl(Bio::SeqIO::bsml)
perl(Bio::SeqIO::bsml_sax)
perl(Bio::SeqIO::chadoxml)
perl(Bio::SeqIO::chaos)
perl(Bio::SeqIO::chaosxml)
perl(Bio::SeqIO::ctf)
perl(Bio::SeqIO::embl)
perl(Bio::SeqIO::embldriver)
perl(Bio::SeqIO::entrezgene)
perl(Bio::SeqIO::excel)
perl(Bio::SeqIO::exp)
perl(Bio::SeqIO::fasta)
perl(Bio::SeqIO::fastq)
perl(Bio::SeqIO::flybase_chadoxml)
perl(Bio::SeqIO::FTHelper)
perl(Bio::SeqIO::game)
perl(Bio::SeqIO::game::featHandler)
perl(Bio::SeqIO::game::gameHandler)
perl(Bio::SeqIO::game::gameSubs)
perl(Bio::SeqIO::game::gameWriter)
perl(Bio::SeqIO::game::seqHandler)
perl(Bio::SeqIO::gbdriver)
perl(Bio::SeqIO::gcg)
perl(Bio::SeqIO::genbank)
perl(Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler)
perl(Bio::SeqIO::interpro)
perl(Bio::SeqIO::kegg)
perl(Bio::SeqIO::largefasta)
perl(Bio::SeqIO::lasergene)
perl(Bio::SeqIO::locuslink)
perl(Bio::SeqIO::metafasta)
perl(Bio::SeqIO::MultiFile)
perl(Bio::SeqIO::phd)
perl(Bio::SeqIO::pir)
perl(Bio::SeqIO::pln)
perl(Bio::SeqIO::qual)
perl(Bio::SeqIO::raw)
perl(Bio::SeqIO::scf)
perl(Bio::SeqIO::strider)
perl(Bio::SeqIO::swiss)
perl(Bio::SeqIO::swissdriver)
perl(Bio::SeqIO::tab)
perl(Bio::SeqIO::table)
perl(Bio::SeqIO::tigr)
perl(Bio::SeqIO::tigrxml)
perl(Bio::SeqIO::tinyseq)
perl(Bio::SeqIO::tinyseq::tinyseqHandler)
perl(Bio::SeqIO::ztr)
perl(Bio::Seq::LargeLocatableSeq)
perl(Bio::Seq::LargePrimarySeq)
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perl(Bio::Seq::Meta::Array)
perl(Bio::Seq::MetaI)
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perl(Bio::Seq::TraceI)
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perl(Bio::SimpleAlign)
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perl(Bio::Structure::IO)
perl(Bio::Structure::IO::pdb)
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perl(Bio::Structure::SecStr::STRIDE::Res)
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perl(Bio::Symbol::Symbol)
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perl(Bio::Taxonomy::Taxon)
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perl(Bio::Tools::Alignment::Consed)
perl(Bio::Tools::Alignment::Trim)
perl(Bio::Tools::Analysis::DNA::ESEfinder)
perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut)
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perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN)
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perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::NetPhos)
perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite)
perl(Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma)
perl(Bio::Tools::AnalysisResult)
perl(Bio::Tools::Analysis::SimpleAnalysisBase)
perl(Bio::Tools::Blat)
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perl(Bio::Tools::EUtilities::Summary::Item)
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perl(Bio::TreeIO)
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perl(Bio::TreeIO::nhx)
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perl(Bio::Variation::IO::flat)
perl(Bio::Variation::IO::xml)
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perl(Bio::WebAgent)
perl(FeatureStore)
perl(HIVSchema)
perl(Q)
perl(QRY)
perl(R)
perl-bioperl

Requires :
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perl(Text::Wrap)
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perl(Bio::Expression::Sample)
perl(Bio::Biblio::PubmedArticle)
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perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap)
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perl(Convert::Binary::C)
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perl(Bio::OntologyIO::dagflat)
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perl(Bio::SeqFeature::Lite)
perl(Bio::SeqFeature::Primer)
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perl(Bio::DB::RandomAccessI)
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perl(Bio::Seq::MetaI)
perl(Data::Dumper)
perl(Bio::Assembly::Scaffold)
perl(Bio::Tree::Compatible)
perl(Bio::Map::Contig)
perl(Bio::Location::Simple)
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perl(Bio::DescribableI)
perl(Scalar::Util)
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perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant)
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perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql)
perl(Bio::Factory::ObjectFactory)
perl(Bio::LiveSeq::Transcript)
perl(English)
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perl(Bio::Variation::IO)
perl(Bio::Search::StatisticsI)
perl(Bio::PrimarySeqI)
perl(Bio::SeqIO::gcg)
perl(Carp)
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perl(Bio::ClusterI)
perl(Bio::SeqIO::game::gameWriter)
perl(Bio::Align::AlignI)
perl(Bio::Tools::EUtilities::Link::UrlLink)
perl(Bio::LocationI)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle)
perl(Bio::Tools::Analysis::SimpleAnalysisBase)
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perl(Bio::Range)
perl(Bio::Map::Physical)
perl(Bio::SeqFeature::CollectionI)
perl(overload)
perl(Bio::PopGen::IndividualI)
perl(Bio::Tree::Node)
perl(Bio::PopGen::IO)
perl(File::Path)
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perl(Bio::Matrix::Generic)
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perl(Bio::Biblio::MedlineArticle)
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perl(Bio::Tools::Alignment::Trim)
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perl(Bio::Tools::Prediction::Exon)
perl(Bio::Map::TranscriptionFactor)
perl(Bio::Ontology::PathI)
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perl(Bio::LiveSeq::Chain)
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perl(Bio::Root::Exception)
perl(Bio::Biblio::Ref)
perl(Bio::DB::TFBS)
perl(Bio::Ontology::RelationshipType)
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perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeader)
perl(Bio::Biblio::MedlineJournalArticle)
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perl(Bio::Map::Gene)
perl(Bio::DB::Expression)
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perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI)
perl(File::Glob)
perl(Bio::AnalysisResultI)
perl(File::Spec)
perl(Bio::Das::FeatureTypeI)
perl(CGI)
perl(Bio::Factory::ObjectBuilderI)
perl(Bio::Biblio::Journal)
perl(Bio::IdentifiableI)
perl(XML::DOM::XPath)
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perl(Bio::LiveSeq::DNA)
perl(Bio::Search::Tiling::MapTileUtils)
perl(Bio::Ontology::Term)
perl(Bio::Matrix::PhylipDist)
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perl(Bio::Root::Version)
perl(Ace)
perl(Bio::Restriction::EnzymeI)
perl(Bio::ASN1::EntrezGene)
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perl(Bio::Tools::SiRNA)
perl(DBD::Pg)
perl(Bio::Align::Utilities)
perl(Bio::LiveSeq::AARange)
perl(FileHandle)
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perl(Bio::Align::DNAStatistics)
perl(Bio::Annotation::TagTree)
perl(Bio::Location::FuzzyLocationI)
rpmlib(FileDigests) <= 4.6.0-1
perl(Bio::Ontology::TermI)
perl(Tree::DAG_Node)
perl(Bio::Search::Hit::HmmpfamHit)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI)
perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)
perl(Bio::Root::IO)
perl(Bio::FeatureHolderI)
perl(Bio::MolEvol::CodonModel)
perl(Bio::Expression::Platform)
perl(Bio::DB::GFF)
perl(Bio::Tools::Run::RemoteBlast)
perl(Bio::Map::PositionHandlerI)
perl(Bio::Tools::EUtilities::Summary::DocSum)
perl(Bio::DB::GFF::Feature)
perl(Bio::Structure::StructureI)
perl(Bio::Biblio::Person)
perl(Data::Stag::XMLWriter)
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perl(Bio::Tools::Run::GenericParameters)
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perl(Bio::AnalysisParserI)
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perl(Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql)
perl(Bio::Map::Position)
perl(Bio::Matrix::Mlagan)
perl(Bio::DB::WebDBSeqI)
perl(File::Spec::Functions)
perl(Bio::Biblio::MedlineBookArticle)
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perl(Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor)
perl(Bio::Seq::QualI)
perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI)
perl(Bio::OntologyIO)
perl(IO::Socket)
perl(Memoize)
perl(Bio::Ontology::DocumentRegistry)
perl(Bio::DB::GenericWebAgent)
perl(Bio::Coordinate::Result::Gap)
perl(Bio::Biblio::Provider)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars)
perl(Bio::Biblio)
perl(PostScript::TextBlock)
perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut)
perl(Text::ParseWords)
perl(Bio::SeqFeature::Collection)
perl(Bio::Tools::HMMER::Set)
perl(Error)
perl(Bio::Assembly::Contig)
perl(warnings)
perl(IO::Handle)
perl(Bio::SeqIO::chadoxml)
perl(constant)
perl(Bio::Biblio::Organisation)
perl(Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder)
perl(Bio::DB::GFF::Homol)
perl(LWP::Simple)
perl(Bio::Root::RootI)
perl(Bio::Tree::Tree)
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perl(Bio::Cluster::UniGene)
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perl(Bio::DB::BiblioI)
perl(SVG::Graph)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO)
perl(Bio::SeqIO::game::gameHandler)
perl(Bio::DB::QueryI)
perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI)
perl(Bio::Tools::SeqStats)
perl(Bio::SeqIO)
perl(Bio::DB::EUtilities)
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perl(Bio::Map::PositionHandler)
perl(UNIVERSAL)
perl(Bio::Search::HSP::BlastPullHSP)
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perl(Bio::Map::LinkagePosition)
perl(HTTP::Response)
perl(Bio::Tools::AlignFactory)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb)
perl(Cache::FileCache)
perl(Bio::Restriction::IO::base)
perl(XML::DOM)
perl(Bio::Event::EventHandlerI)
perl(Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet)
rpmlib(PayloadIsXz) <= 5.2-1
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perl(Bio::Cluster::UniGeneI)
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perl(Bio::LocatableSeq)
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perl(Bio::Phenotype::Phenotype)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::ace)
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perl(Bio::LiveSeq::Translation)
perl(Bio::Tools::RandomDistFunctions)
perl(Bio::Tools::CodonTable)
perl(Bio::Map::FPCMarker)
perl(Bio::Matrix::MatrixI)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator)
perl(Bio::Seq::SequenceTrace)
perl(Bio::SeqIO::tinyseq::tinyseqHandler)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Intron)
perl(Bio::DB::SwissProt)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader)
perl(Bio::Variation::RNAChange)
perl(Bio::Map::Relative)
perl(Bio::Biblio::IO::medline2ref)
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perl(Bio::Variation::DNAMutation)
perl(Bio::Tools::Phylo::PAML::ModelResult)
perl(Bio::CodonUsage::Table)
perl(Bio::Annotation::TypeManager)
perl(Bio::Seq::RichSeqI)
perl(Test::Exception)
perl(Bio::Align::StatisticsI)
perl(Bio::DB::GenPept)
perl(Bio::LiveSeq::Range)
perl(Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine)
perl(Bio::Seq::Quality)
perl(Bio::Biblio::MedlineBook)
perl(Test::Builder)
perl(Bio::AnnotatableI)
perl(Bio::Matrix::PSM::PsmI)
perl(Bio::Tools::Phylo::Molphy::Result)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader)
perl(File::Temp)
perl(Symbol)
perl(Bio::Annotation::DBLink)
perl(Bio::Root::Root)
perl(Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter)
perl(Env)
perl(Bio::Annotation::OntologyTerm)
perl(Bio::Map::SimpleMap)
perl(Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler)
perl(Pod::Usage)
perl(Bio::Search::DatabaseI)
perl(Bio::DB::GFF::RelSegment)
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perl(Bio::Restriction::Enzyme)
perl(Bio::Map::PositionI)
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perl(Bio::DB::GFF::Util::Binning)
perl(Bio::Seq::LargePrimarySeq)
perl(Bio::Restriction::IO)
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perl(Bio::Tools::EUtilities)
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perl(Bio::SeqIO::MultiFile)
perl(Bio::Map::OrderedPosition)
perl(Bio::Tools::Signalp)
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perl(Bio::Tree::TreeFunctionsI)
perl(XML::Writer)
perl(Bio::Coordinate::Collection)
perl(Bio::SeqFeature::Generic)
perl(Bio::AlignIO)
perl(Bio::Matrix::PSM::Psm)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper)
perl(Bio::Matrix::Scoring)
perl(Bio::WebAgent)
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perl(Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener)
perl(Bio::DB::BioFetch)
perl(Bio::Tools::Prediction::Gene)
perl(Bio::Assembly::Singlet)
perl(Graph::Directed)
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perl(Bio::Location::Atomic)
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perl(Bio::Seq::PrimaryQual)
perl(Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder)
perl(Bio::Tools::IUPAC)
perl(Bio::DB::Registry)
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perl(Bio::Map::CytoPosition)
perl(Bio::Tools::Genewise)
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perl(Term::ReadLine)
perl(Bio::PopGen::Genotype)
perl(Bio::Tree::TreeI)
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perl(Bio::Seq::LargeLocatableSeq)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper)
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perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Unit)
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perl(LWP)
perl(Tie::RefHash)
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perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)
perl(Fcntl)
perl(XML::SAX)
perl(Bio::SeqFeature::SimilarityPair)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg)
perl(Bio::Coordinate::ExtrapolatingPair)
perl(Bio::Search::Result::HmmpfamResult)
perl(Bio::Search::Result::ResultFactory)
perl(Bio::Index::Abstract)
perl(Bio::Biblio::IO)
perl(Bio::Biblio::Book)
perl(Bio::Search::Hit::GenericHit)
perl(HTTP::Request::Common)
perl(Bio::Annotation::Collection)
perl(Bio::Factory::SequenceStreamI)
perl(List::MoreUtils)
perl(Bio::MapIO)
perl(XML::LibXML::Reader)
perl(Bio::Tools::Run::WrapperBase)
perl(HTML::HeadParser)
perl(Bio::Assembly::IO)
/usr/bin/perl
perl(Bio::DasI)
perl(Bio::DB::Taxonomy)
perl(Bio::Align::PairwiseStatistics)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle)
perl(Bio::LiveSeq::Intron)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator)
perl(Bio::Structure::Atom)
perl(MIME::Base64)
perl(Bio::Search::SearchUtils)
perl(Bio::SeqEvolution::EvolutionI)
perl(Bio::Map::GeneMap)
perl(Bio::Matrix::IO)
perl(Bio::SeqFeatureI)
perl(Bio::Variation::SNP)
perl(Bio::Phenotype::PhenotypeI)
perl(Bio::SearchIO::XML::BlastHandler)
perl(URI::Escape)
perl(Getopt::Std)
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perl(Bio::AnnotationCollectionI)
perl(Bio::Tools::EUtilities::Query::GlobalQuery)
perl(File::Basename)
perl(Bio::PopGen::Simulation::Coalescent)
perl(Bio::Expression::Contact)
perl(Bio::Search::Result::ResultI)
perl(Bio::Coordinate::ResultI)
perl(Bio::Symbol::SymbolI)
perl(Bio::Factory::LocationFactoryI)
perl(Bio::Tools::GuessSeqFormat)
perl(Bio::Structure::IO)
perl(Bio::Annotation::Comment)
perl(strict)
perl(Text::Balanced)
perl(POSIX)
perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI)
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perl(Bio::PopGen::Statistics)
perl(Exporter)
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perl(Bio::SeqFeature::Similarity)
perl(Bio::Tools::HMMER::Domain)
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perl(Bio::Location::Split)
perl(Bio::Variation::AAChange)
perl(LWP::UserAgent)
perl(Bio::DB::GFF::Util::Rearrange)
perl(Bio::Coordinate::Graph)
perl(Bio::Tools::EUtilities::Info::FieldInfo)
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/usr/bin/bp_local_taxonomydb_query.pl
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