RPM Fedora 9 perl-bioperl-run 1.5.2

perl-bioperl-run rpm build for : Fedora 9. For other distributions click perl-bioperl-run.

Name : perl-bioperl-run
Version : 1.5.2_100	Vendor : Fedora Project
Release : 3.fc9	Date : 2008-03-05 04:44:00
Group : Development/Libraries	Source RPM : perl-bioperl-run-1.5.2_100-3.fc9.src.rpm
Size : 5.69 MB
Packager : Fedora Project
Summary : Modules to provide a Perl interface to various bioinformatics applications
Description : Bioperl-run contain modules that provide a Perl interface to various bioinformatics applications. This allows various applications to be used with common Bioperl objects.
RPM found in directory: /packages/linux-pbone/archive.fedoraproject.org/fedora/linux/releases/9/Everything/x86_64/os/Packages

Content of RPM Changelog Provides Requires

Download
ftp.icm.edu.pl perl-bioperl-run-1.5.2_100-3.fc9.noarch.rpm

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ftp.icm.edu.pl perl-bioperl-run-1.5.2_100-3.fc9.noarch.rpm

ftp.icm.edu.pl perl-bioperl-run-1.5.2_100-3.fc9.noarch.rpm

Provides :
perl(Bio::Factory::EMBOSS)
perl(Bio::Installer::Clustalw)
perl(Bio::Installer::EMBOSS)
perl(Bio::Installer::Generic)
perl(Bio::Installer::Muscle)
perl(Bio::Installer::PAML)
perl(Bio::Installer::Probcons)
perl(Bio::Installer::TCoffee)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Amap)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Blat)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::DBA)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Job)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Job::soap)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Utils)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::soap)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::Pise)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap)
perl(Bio::Tools::Run::Cap3)
perl(Bio::Tools::Run::Coil)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSacd)
perl(Bio::Tools::Run::Eponine)
perl(Bio::Tools::Run::FootPrinter)
perl(Bio::Tools::Run::Genewise)
perl(Bio::Tools::Run::Genscan)
perl(Bio::Tools::Run::Hmmer)
perl(Bio::Tools::Run::Mdust)
perl(Bio::Tools::Run::Phrap)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::LVB)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Baseml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Evolver)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::CSR)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::Puzzle)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::abiview)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::addquart)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::align2model)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::alistat)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::antigenic)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::assp)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::backtranseq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::bambe)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::bl2seq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::blast2)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::blimps)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cai)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cap)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cds)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::chaos)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::charge)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::checktrans)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::chips)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cirdna)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::clique)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::clustalw)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::clustalw_convert)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::codcmp)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::coderet)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::codnocod)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::codontree)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::codonw)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::confmat)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cons)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::consense)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::consensus)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cpgplot)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cpgreport)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cusp)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::cutseq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dan)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dca)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::decorate)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::descseq)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::diffseq)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dnapars)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dollop)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dottup)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::drawpyr)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::drawtree)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dreg)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::druid)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dsc)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::dssp)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::hmoment)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::phiblast)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::phyml)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::pima)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotcon)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::plotorf)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::plsearch)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::polydot)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::pratt)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::predator)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::preg)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::prettyplot)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::prodom)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::profit)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::prophet)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::prose)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::protal2dna)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::protpars)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::pscan)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::pyreval)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::qstar)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::readnexus)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::readseq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::recoder)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::remap)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::seqstat)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::showalign)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::showfeat)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::showorf)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::showseq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::shuffleseq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::sigcleave)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::siggen)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::sigscan)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::silent)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::sirna)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::splitter)
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perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::stretcher)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::stride)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::stssearch)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::supermatcher)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::syco)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::tacg)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::tfscan)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::tipdate)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::tmap)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::toppred)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::tranalign)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::transeq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::treealign)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::trimest)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::trimseq)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::trnascan)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::twofeat)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::unroot)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::vectorstrip)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::water)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::weighbor)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::whichdb)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::wise2)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::wobble)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::wordcount)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::wordmatch)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::wublast2)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::xblast)
perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication::xpound)
perl(Bio::Tools::Run::PiseJob)
perl(Bio::Tools::Run::PiseJobParser)
perl(Bio::Tools::Run::PiseWorkflow)
perl(Bio::Tools::Run::Primate)
perl(Bio::Tools::Run::Primer3)
perl(Bio::Tools::Run::Prints)
perl(Bio::Tools::Run::Profile)
perl(Bio::Tools::Run::Promoterwise)
perl(Bio::Tools::Run::Pseudowise)
perl(Bio::Tools::Run::RepeatMasker)
perl(Bio::Tools::Run::Seg)
perl(Bio::Tools::Run::Signalp)
perl(Bio::Tools::Run::Tmhmm)
perl(Bio::Tools::Run::TribeMCL)
perl(Bio::Tools::Run::Vista)
perl-bioperl-run

Requires :

perl(Getopt::Long)

perl(Bio::Factory::ApplicationFactoryI)

perl(Bio::Tools::Prints)

perl(Bio::Factory::ObjectFactory)

perl(POSIX)

perl(File::Spec)

perl(Exporter)

perl(Config)

perl(CGI)

perl(Bio::Tools::Genscan)

perl(Bio::Tools::AnalysisResult)

perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication)

perl(ExtUtils::MakeMaker)

perl(Bio::SeqFeature::Gene::Exon)

perl(Bio::Search::HSP::GenericHSP)

perl(Bio::Species)

perl(Bio::Installer::Generic)

perl(LWP::UserAgent)

perl(Bio::Seq)

perl(Bio::Matrix::PhylipDist)

perl(LWP)

perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSacd)

perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist)

perl(Bio::Tools::FootPrinter)

perl(Bio::Root::Version)

perl(Bio::Tools::RepeatMasker)

perl(Bio::AnalysisI)

perl(Bio::Tools::Coil)

perl(Bio::SeqFeature::Gene::Transcript)

perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)

perl(Fcntl)

perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base)

perl(Bio::Tools::Phylo::PAML)

perl(File::Temp)

perl(Bio::Annotation::DBLink)

perl(Bio::Root::Root)

perl(Bio::Tools::Eponine)

perl(Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist)

rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1

perl(Bio::Tools::Pseudowise)

perl(IO::String)

perl(Bio::Tools::Tmhmm)

perl(File::Copy)

perl(Bio::Tools::Run::PiseApplication)

perl(base)

perl(Bio::TreeIO)

perl(Bio::Tools::Run::Analysis)

perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)

perl(HTTP::Request::Common)

perl(Bio::Root::IO)

perl(Bio::Tools::Profile)

perl(Bio::Tools::Sim4::Results)

perl(Bio::Tools::Phylo::Molphy)

perl(Bio::SeqIO)

perl(vars)

perl(:MODULE_COMPAT_5.10.0)

perl(Bio::Tools::Run::WrapperBase)

perl(Bio::Tools::Primer3)

perl(Bio::Tools::Run::PiseJob)

perl(Bio::Assembly::IO)

/usr/bin/perl

perl(Bio::Tools::Signalp)

perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf)

perl(Bio::SeqFeature::Generic)

perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory)

perl(Data::Dumper)

perl(Bio::AlignIO)

perl => 0:5.005_62

perl(Bio::AlignIO::fasta)

perl(Bio::Tools::Promoterwise)

perl(Bio::Factory::AnalysisI)

perl(Bio::Tools::Seg)

perl(Bio::SearchIO)

perl(Getopt::Std)

perl(Bio::SimpleAlign)

perl(Bio::Tools::Run::PiseJobParser)

perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor)

perl(XML::Parser::PerlSAX)

rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1

perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure)

perl(Cwd)

perl(Bio::Tools::Genewise)

perl(strict)

Content of RPM :
/usr/bin/bp_bioperl_application_installer.pl
/usr/bin/bp_multi_hmmsearch.pl
/usr/bin/bp_panalysis.pl
/usr/bin/bp_papplmaker.pl
/usr/bin/bp_run_neighbor.pl
/usr/bin/bp_run_protdist.pl
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Factory
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Factory/EMBOSS.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer/Clustalw.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer/EMBOSS.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer/Generic.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer/Muscle.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer/PAML.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer/Probcons.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Installer/TCoffee.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Amap.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Blat.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/DBA.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Exonerate.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Kalign.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Lagan.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/MAFFT.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Muscle.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Probalign.pm
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