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perl-bioperl-run rpm build for : Mandrake Other. For other distributions click perl-bioperl-run.

Name : perl-bioperl-run
Version : 1.6.1 Vendor : Mandriva
Release : 3mdv2011.0 Date : 2010-07-25 18:12:19
Group : Development/Perl Source RPM : perl-bioperl-run-1.6.1-3mdv2011.0.src.rpm
Size : 1.65 MB
Packager : Funda Wang < fwang_mandriva_org>
Summary : BioPerl wrappers for external programs
Description :
Officially organized in 1995 and existing informally for several years
prior, The Bioperl Project is an international association of developers
of open source Perl tools for bioinformatics, genomics and life science
research.

RPM found in directory: /vol/rzm6/linux-mandriva/devel/cooker/sparcv9/media/contrib/release

Content of RPM  Changelog  Provides Requires

Download
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3mdv2011.0.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3mdv2011.0.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3mdv2011.0.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3mdv2011.0.noarch.rpm
ftp.icm.edu.pl  perl-bioperl-run-1.6.1-3mdv2011.0.noarch.rpm
     

Provides :
perl-Bioperl-Run
perl(Bio::Factory::EMBOSS)
perl(Bio::Installer::Clustalw)
perl(Bio::Installer::EMBOSS)
perl(Bio::Installer::Generic)
perl(Bio::Installer::Hyphy)
perl(Bio::Installer::Muscle)
perl(Bio::Installer::PAML)
perl(Bio::Installer::Probcons)
perl(Bio::Installer::SLR)
perl(Bio::Installer::TCoffee)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Amap)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Blat)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::DBA)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Exonerate)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Kalign)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Lagan)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Muscle)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Pal2Nal)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Probalign)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Probcons)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Proda)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::Sim4)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::StandAloneFasta)
perl(Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Job)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Job::soap)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::Utils)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis::soap)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory::soap)
perl(Bio::Tools::Run::Cap3)
perl(Bio::Tools::Run::Coil)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSacd)
perl(Bio::Tools::Run::ERPIN)
perl(Bio::Tools::Run::Ensembl)
perl(Bio::Tools::Run::Eponine)
perl(Bio::Tools::Run::FootPrinter)
perl(Bio::Tools::Run::Genemark)
perl(Bio::Tools::Run::Genewise)
perl(Bio::Tools::Run::Genscan)
perl(Bio::Tools::Run::Glimmer)
perl(Bio::Tools::Run::Hmmer)
perl(Bio::Tools::Run::Infernal)
perl(Bio::Tools::Run::MCS)
perl(Bio::Tools::Run::Match)
perl(Bio::Tools::Run::Mdust)
perl(Bio::Tools::Run::Meme)
perl(Bio::Tools::Run::Phrap)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Gerp)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Gumby)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::FEL)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Modeltest)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::REL)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::SLAC)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::LVB)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Njtree::Best)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Baseml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Codeml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Evolver)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PAML::Yn00)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhastCons)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawGram)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtPars)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phyml)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::QuickTree)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::SLR)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Semphy)
perl(Bio::Tools::Run::Primate)
perl(Bio::Tools::Run::Primer3)
perl(Bio::Tools::Run::Prints)
perl(Bio::Tools::Run::Profile)
perl(Bio::Tools::Run::Promoterwise)
perl(Bio::Tools::Run::Pseudowise)
perl(Bio::Tools::Run::RNAMotif)
perl(Bio::Tools::Run::RepeatMasker)
perl(Bio::Tools::Run::Seg)
perl(Bio::Tools::Run::Signalp)
perl(Bio::Tools::Run::Simprot)
perl(Bio::Tools::Run::TigrAssembler)
perl(Bio::Tools::Run::Tmhmm)
perl(Bio::Tools::Run::TribeMCL)
perl(Bio::Tools::Run::Vista)
perl(Bio::Tools::Run::tRNAscanSE)
perl-bioperl-run

Requires :
perl(Bio::Factory::ApplicationFactoryI)
perl(Bio::Tools::Prints)
perl(File::Spec)
perl(Exporter)
perl-base => 2:5.12.0
perl(Bio::Tools::Genscan)
perl(Bio::Tools::AnalysisResult)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSApplication)
perl(English)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Exon)
perl(Bio::Search::HSP::GenericHSP)
perl(Bio::Species)
perl(Bio::Installer::Generic)
perl(Bio::Seq)
perl(Bio::Matrix::PhylipDist)
perl(LWP)
perl(Bio::Tools::Run::EMBOSSacd)
perl(IPC::Run)
perl(Bio::Tools::FootPrinter)
perl(Bio::Tools::RepeatMasker)
perl(Bio::AnalysisI)
perl(Bio::Tools::Phylo::Gerp)
perl(Bio::Tools::Coil)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Transcript)
perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Base)
perl(Bio::Tools::Phylo::PAML)
perl(Bio::Tools::Match)
perl(Bio::Annotation::DBLink)
perl(Bio::Root::Root)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::PhyloBase)
perl(Bio::Tools::Eponine)
perl(Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist)
perl(Bio::Tools::Pseudowise)
perl(Bio::FeatureIO)
rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Hyphy::Base)
perl(IO::String)
perl(Bio::Tools::Tmhmm)
rpmlib(PayloadIsLzma) <= 4.4.6-1
perl(File::Copy)
perl(Bio::TreeIO)
perl(Bio::Tools::Run::Analysis)
perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)
perl(HTTP::Request::Common)
perl(Bio::Root::IO)
perl(Bio::Tools::Profile)
perl(Bio::Tools::Sim4::Results)
perl(Bio::Tools::Phylo::Molphy)
perl(Bio::Tools::Phylo::Gumby)
perl(Bio::SeqIO)
perl(Bio::DB::EUtilities)
perl(Bio::Tools::Run::WrapperBase)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phast::PhyloFit)
perl(Bio::Tools::Primer3)
perl(Bio::Assembly::IO)
perl(Bio::Tools::Signalp)
perl(Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::PhylipConf)
perl(Bio::Tools::Genemark)
perl(Bio::Tools::Glimmer)
perl(Bio::SeqFeature::Generic)
perl(Bio::Tools::GFF)
perl(Data::Dumper)
perl(Bio::Map::Prediction)
perl(Bio::Tools::Run::AnalysisFactory)
perl(Bio::AlignIO)
perl(Bio::Tools::Promoterwise)
perl(Bio::Factory::AnalysisI)
perl(Bio::Tools::Seg)
perl(Bio::Matrix::IO)
perl(Bio::WebAgent)
perl(Bio::SearchIO)
perl(Bio::Map::Position)
perl(Bio::SimpleAlign)
perl(Clone)
rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1
perl(Bio::Tools::tRNAscanSE)
perl(File::Basename)
perl(Cwd)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure)
perl(Bio::Annotation::SimpleValue)
perl(Bio::Tools::Genewise)


Content of RPM :
/usr/bin/bp_bioperl_application_installer.pl
/usr/bin/bp_multi_hmmsearch.pl
/usr/bin/bp_panalysis.pl
/usr/bin/bp_papplmaker.pl
/usr/bin/bp_run_neighbor.pl
/usr/bin/bp_run_protdist.pl
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Factory
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Factory/EMBOSS.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/Clustalw.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/EMBOSS.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/Generic.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/Hyphy.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/Muscle.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/PAML.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/Probcons.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/SLR.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Installer/TCoffee.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Amap.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Blat.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/DBA.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Exonerate.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Kalign.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/Lagan.pm
/usr/lib/perl5/vendor_perl/5.12.0/Bio/Tools/Run/Alignment/MAFFT.pm
There is 193 files more in these RPM.

  
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