| Name : perl-BioPerl
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| Version : 1.007002
| Vendor : obs://build_opensuse_org/devel:languages:perl
|
| Release : 2.1
| Date : 2018-09-27 18:26:10
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| Group : Development/Libraries/Perl
| Source RPM : perl-BioPerl-1.007002-2.1.src.rpm
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| Size : 26.40 MB
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| Packager : (none)
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| Summary : Perl Modules for Biology
|
Description :
BioPerl is the product of a community effort to produce Perl code which is
useful in biology. Examples include Sequence objects, Alignment objects and
database searching objects. These objects not only do what they are
advertised to do in the documentation, but they also interact - Alignment
objects are made from the Sequence objects, Sequence objects have access to
Annotation and SeqFeature objects and databases, Blast objects can be
converted to Alignment objects, and so on. This means that the objects
provide a coordinated and extensible framework to do computational biology.
BioPerl development focuses on Perl classes, or code that is used to create
objects representing biological entities. There are scripts provided in the
scripts/ and examples/ directories but scripts are not the main focus of
the BioPerl developers. Of course, as the objects do most of the hard work
for you, all you have to do is combine a number of objects together
sensibly to make useful scripts.
The intent of the BioPerl development effort is to make reusable tools that
aid people in creating their own sites or job-specific applications.
The BioPerl website at http://bioperl.org also attempts to maintain links
and archives of standalone bio-related Perl tools that are not affiliated
or related to the core BioPerl effort. Check the site for useful code ideas
and contribute your own if possible.
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RPM found in directory: /packages/linux-pbone/ftp5.gwdg.de/pub/opensuse/repositories/devel:/languages:/perl/openSUSE_Leap_42.3/noarch |
Hmm ... It's impossible ;-) This RPM doesn't exist on any FTP server
Provides :
perl(Bio::Align::AlignI)
perl(Bio::Align::DNAStatistics)
perl(Bio::Align::Graphics)
perl(Bio::Align::PairwiseStatistics)
perl(Bio::Align::ProteinStatistics)
perl(Bio::Align::StatisticsI)
perl(Bio::Align::Utilities)
perl(Bio::AlignIO)
perl(Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler)
perl(Bio::AlignIO::arp)
perl(Bio::AlignIO::bl2seq)
perl(Bio::AlignIO::clustalw)
perl(Bio::AlignIO::emboss)
perl(Bio::AlignIO::fasta)
perl(Bio::AlignIO::largemultifasta)
perl(Bio::AlignIO::maf)
perl(Bio::AlignIO::mase)
perl(Bio::AlignIO::mega)
perl(Bio::AlignIO::meme)
perl(Bio::AlignIO::metafasta)
perl(Bio::AlignIO::msf)
perl(Bio::AlignIO::nexml)
perl(Bio::AlignIO::nexus)
perl(Bio::AlignIO::pfam)
perl(Bio::AlignIO::phylip)
perl(Bio::AlignIO::po)
perl(Bio::AlignIO::proda)
perl(Bio::AlignIO::prodom)
perl(Bio::AlignIO::psi)
perl(Bio::AlignIO::selex)
perl(Bio::AlignIO::stockholm)
perl(Bio::AlignIO::xmfa)
perl(Bio::AnalysisI)
perl(Bio::AnalysisI::JobI)
perl(Bio::AnalysisParserI)
perl(Bio::AnalysisResultI)
perl(Bio::AnnotatableI)
perl(Bio::Annotation::AnnotationFactory)
perl(Bio::Annotation::Collection)
perl(Bio::Annotation::Comment)
perl(Bio::Annotation::DBLink)
perl(Bio::Annotation::OntologyTerm)
perl(Bio::Annotation::Reference)
perl(Bio::Annotation::Relation)
perl(Bio::Annotation::SimpleValue)
perl(Bio::Annotation::StructuredValue)
perl(Bio::Annotation::TagTree)
perl(Bio::Annotation::Target)
perl(Bio::Annotation::Tree)
perl(Bio::Annotation::TypeManager)
perl(Bio::AnnotationCollectionI)
perl(Bio::AnnotationI)
perl(Bio::Assembly::Contig)
perl(Bio::Assembly::ContigAnalysis)
perl(Bio::Assembly::IO)
perl(Bio::Assembly::IO::ace)
perl(Bio::Assembly::IO::bowtie)
perl(Bio::Assembly::IO::maq)
perl(Bio::Assembly::IO::phrap)
perl(Bio::Assembly::IO::sam)
perl(Bio::Assembly::IO::tigr)
perl(Bio::Assembly::Scaffold)
perl(Bio::Assembly::ScaffoldI)
perl(Bio::Assembly::Singlet)
perl(Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum)
perl(Bio::Cluster::ClusterFactory)
perl(Bio::Cluster::FamilyI)
perl(Bio::Cluster::SequenceFamily)
perl(Bio::Cluster::UniGene)
perl(Bio::Cluster::UniGeneI)
perl(Bio::ClusterI)
perl(Bio::ClusterIO)
perl(Bio::ClusterIO::dbsnp)
perl(Bio::ClusterIO::unigene)
perl(Bio::CodonUsage::IO)
perl(Bio::CodonUsage::Table)
perl(Bio::DB::Ace)
perl(Bio::DB::BioFetch)
perl(Bio::DB::CUTG)
perl(Bio::DB::DBFetch)
perl(Bio::DB::EMBL)
perl(Bio::DB::EntrezGene)
perl(Bio::DB::Expression)
perl(Bio::DB::Expression::geo)
perl(Bio::DB::Failover)
perl(Bio::DB::Fasta)
perl(Bio::DB::Fasta::Subdir)
perl(Bio::DB::FileCache)
perl(Bio::DB::Flat)
perl(Bio::DB::Flat::BDB)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::embl)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::fasta)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::genbank)
perl(Bio::DB::Flat::BDB::swiss)
perl(Bio::DB::Flat::BinarySearch)
perl(Bio::DB::GFF)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::ace)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch_oracle)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::faux_dbh)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlopt)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg_fts)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer)
perl(Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::alignment)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::clone)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::coding)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::gene)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::match)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::none)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::orf)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::processed_transcript)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::so_transcript)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_acembly)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_ensgene)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_genscan)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_refgene)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22pseudo)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_softberry)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_twinscan)
perl(Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_unigene)
perl(Bio::DB::GFF::Featname)
perl(Bio::DB::GFF::Feature)
perl(Bio::DB::GFF::FeatureIterator)
perl(Bio::DB::GFF::Homol)
perl(Bio::DB::GFF::ID_Iterator)
perl(Bio::DB::GFF::RelSegment)
perl(Bio::DB::GFF::Segment)
perl(Bio::DB::GFF::Typename)
perl(Bio::DB::GFF::Util::Binning)
perl(Bio::DB::GFF::Util::Rearrange)
perl(Bio::DB::GenBank)
perl(Bio::DB::GenPept)
perl(Bio::DB::GenericWebAgent)
perl(Bio::DB::HIV)
perl(Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor)
perl(Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper)
perl(Bio::DB::InMemoryCache)
perl(Bio::DB::Indexed::Stream)
perl(Bio::DB::IndexedBase)
perl(Bio::DB::LocationI)
perl(Bio::DB::MeSH)
perl(Bio::DB::NCBIHelper)
perl(Bio::DB::Qual)
perl(Bio::DB::Query::GenBank)
perl(Bio::DB::Query::HIVQuery)
perl(Bio::DB::Query::WebQuery)
perl(Bio::DB::QueryI)
perl(Bio::DB::RandomAccessI)
perl(Bio::DB::RefSeq)
perl(Bio::DB::ReferenceI)
perl(Bio::DB::Registry)
perl(Bio::DB::SeqFeature)
perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeature)
perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI)
perl(Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Segment)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureFileLoader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureIterator)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF2Loader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::bdb)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb3)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb::Iterator)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::memory)
perl(Bio::DB::SeqFeature::Store::memory::Iterator)
perl(Bio::DB::SeqI)
perl(Bio::DB::SeqVersion)
perl(Bio::DB::SeqVersion::gi)
perl(Bio::DB::SwissProt)
perl(Bio::DB::TFBS)
perl(Bio::DB::TFBS::transfac_pro)
perl(Bio::DB::Taxonomy)
perl(Bio::DB::Taxonomy::entrez)
perl(Bio::DB::Taxonomy::flatfile)
perl(Bio::DB::Taxonomy::greengenes)
perl(Bio::DB::Taxonomy::list)
perl(Bio::DB::Taxonomy::silva)
perl(Bio::DB::Taxonomy::sqlite)
perl(Bio::DB::Universal)
perl(Bio::DB::UpdateableSeqI)
perl(Bio::DB::WebDBSeqI)
perl(Bio::DBLinkContainerI)
perl(Bio::Das::FeatureTypeI)
perl(Bio::Das::SegmentI)
perl(Bio::DasI)
perl(Bio::DescribableI)
perl(Bio::Draw::Pictogram)
perl(Bio::Event::EventGeneratorI)
perl(Bio::Event::EventHandlerI)
perl(Bio::Factory::AnalysisI)
perl(Bio::Factory::ApplicationFactoryI)
perl(Bio::Factory::DriverFactory)
perl(Bio::Factory::FTLocationFactory)
perl(Bio::Factory::LocationFactoryI)
perl(Bio::Factory::MapFactoryI)
perl(Bio::Factory::ObjectBuilderI)
perl(Bio::Factory::ObjectFactory)
perl(Bio::Factory::ObjectFactoryI)
perl(Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
perl(Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI)
perl(Bio::Factory::SequenceFactoryI)
perl(Bio::Factory::SequenceProcessorI)
perl(Bio::Factory::SequenceStreamI)
perl(Bio::Factory::TreeFactoryI)
perl(Bio::FeatureHolderI)
perl(Bio::HandlerBaseI)
perl(Bio::IdCollectionI)
perl(Bio::IdentifiableI)
perl(Bio::Index::Abstract)
perl(Bio::Index::AbstractSeq)
perl(Bio::Index::Blast)
perl(Bio::Index::BlastTable)
perl(Bio::Index::EMBL)
perl(Bio::Index::Fasta)
perl(Bio::Index::Fastq)
perl(Bio::Index::GenBank)
perl(Bio::Index::Hmmer)
perl(Bio::Index::Qual)
perl(Bio::Index::Stockholm)
perl(Bio::Index::SwissPfam)
perl(Bio::Index::Swissprot)
perl(Bio::LiveSeq::AARange)
perl(Bio::LiveSeq::Chain)
perl(Bio::LiveSeq::ChainI)
perl(Bio::LiveSeq::DNA)
perl(Bio::LiveSeq::Exon)
perl(Bio::LiveSeq::Gene)
perl(Bio::LiveSeq::IO::BioPerl)
perl(Bio::LiveSeq::IO::Loader)
perl(Bio::LiveSeq::Intron)
perl(Bio::LiveSeq::Mutation)
perl(Bio::LiveSeq::Mutator)
perl(Bio::LiveSeq::Prim_Transcript)
perl(Bio::LiveSeq::Range)
perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Region)
perl(Bio::LiveSeq::Repeat_Unit)
perl(Bio::LiveSeq::SeqI)
perl(Bio::LiveSeq::Transcript)
perl(Bio::LiveSeq::Translation)
perl(Bio::LocatableSeq)
perl(Bio::Location::Atomic)
perl(Bio::Location::AvWithinCoordPolicy)
perl(Bio::Location::CoordinatePolicyI)
perl(Bio::Location::Fuzzy)
perl(Bio::Location::FuzzyLocationI)
perl(Bio::Location::NarrowestCoordPolicy)
perl(Bio::Location::Simple)
perl(Bio::Location::Split)
perl(Bio::Location::SplitLocationI)
perl(Bio::Location::WidestCoordPolicy)
perl(Bio::LocationI)
perl(Bio::Map::Clone)
perl(Bio::Map::Contig)
perl(Bio::Map::CytoMap)
perl(Bio::Map::CytoMarker)
perl(Bio::Map::CytoPosition)
perl(Bio::Map::EntityI)
perl(Bio::Map::FPCMarker)
perl(Bio::Map::Gene)
perl(Bio::Map::GeneMap)
perl(Bio::Map::GenePosition)
perl(Bio::Map::GeneRelative)
perl(Bio::Map::LinkageMap)
perl(Bio::Map::LinkagePosition)
perl(Bio::Map::MapI)
perl(Bio::Map::Mappable)
perl(Bio::Map::MappableI)
perl(Bio::Map::Marker)
perl(Bio::Map::MarkerI)
perl(Bio::Map::Microsatellite)
perl(Bio::Map::OrderedPosition)
perl(Bio::Map::OrderedPositionWithDistance)
perl(Bio::Map::Physical)
perl(Bio::Map::Position)
perl(Bio::Map::PositionHandler)
perl(Bio::Map::PositionHandlerI)
perl(Bio::Map::PositionI)
perl(Bio::Map::PositionWithSequence)
perl(Bio::Map::Prediction)
perl(Bio::Map::Relative)
perl(Bio::Map::RelativeI)
perl(Bio::Map::SimpleMap)
perl(Bio::Map::TranscriptionFactor)
perl(Bio::MapIO)
perl(Bio::MapIO::fpc)
perl(Bio::MapIO::mapmaker)
perl(Bio::Matrix::Generic)
perl(Bio::Matrix::IO)
perl(Bio::Matrix::IO::mlagan)
perl(Bio::Matrix::IO::phylip)
perl(Bio::Matrix::IO::scoring)
perl(Bio::Matrix::MatrixI)
perl(Bio::Matrix::Mlagan)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::mast)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::masta)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::meme)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::psiblast)
perl(Bio::Matrix::PSM::IO::transfac)
perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSite)
perl(Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI)
perl(Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix)
perl(Bio::Matrix::PSM::ProtPsm)
perl(Bio::Matrix::PSM::Psm)
perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeader)
perl(Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI)
perl(Bio::Matrix::PSM::PsmI)
perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix)
perl(Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI)
perl(Bio::Matrix::PhylipDist)
perl(Bio::Matrix::Scoring)
perl(Bio::MolEvol::CodonModel)
perl(Bio::Nexml::Factory)
perl(Bio::NexmlIO)
perl(Bio::Ontology::DocumentRegistry)
perl(Bio::Ontology::GOterm)
perl(Bio::Ontology::InterProTerm)
perl(Bio::Ontology::OBOEngine)
perl(Bio::Ontology::OBOterm)
perl(Bio::Ontology::Ontology)
perl(Bio::Ontology::OntologyEngineI)
perl(Bio::Ontology::OntologyI)
perl(Bio::Ontology::OntologyStore)
perl(Bio::Ontology::Path)
perl(Bio::Ontology::PathI)
perl(Bio::Ontology::Relationship)
perl(Bio::Ontology::RelationshipFactory)
perl(Bio::Ontology::RelationshipI)
perl(Bio::Ontology::RelationshipType)
perl(Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor)
perl(Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine)
perl(Bio::Ontology::Term)
perl(Bio::Ontology::TermFactory)
perl(Bio::Ontology::TermI)
perl(Bio::OntologyIO)
perl(Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler)
perl(Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler)
perl(Bio::OntologyIO::Handlers::InterPro_BioSQL_Handler)
perl(Bio::OntologyIO::InterProParser)
perl(Bio::OntologyIO::dagflat)
perl(Bio::OntologyIO::goflat)
perl(Bio::OntologyIO::obo)
perl(Bio::OntologyIO::simplehierarchy)
perl(Bio::OntologyIO::soflat)
perl(Bio::ParameterBaseI)
perl(Bio::Perl)
perl(Bio::Phenotype::Correlate)
perl(Bio::Phenotype::MeSH::Term)
perl(Bio::Phenotype::MeSH::Twig)
perl(Bio::Phenotype::Measure)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant)
perl(Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser)
perl(Bio::Phenotype::Phenotype)
perl(Bio::Phenotype::PhenotypeI)
perl(Bio::PhyloNetwork)
perl(Bio::PhyloNetwork::Factory)
perl(Bio::PhyloNetwork::FactoryX)
perl(Bio::PhyloNetwork::GraphViz)
perl(Bio::PhyloNetwork::RandomFactory)
perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactory)
perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryMulti)
perl(Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryX)
perl(Bio::PhyloNetwork::muVector)
perl(Bio::PopGen::Genotype)
perl(Bio::PopGen::GenotypeI)
perl(Bio::PopGen::HtSNP)
perl(Bio::PopGen::IO)
perl(Bio::PopGen::IO::csv)
perl(Bio::PopGen::IO::hapmap)
perl(Bio::PopGen::IO::phase)
perl(Bio::PopGen::IO::prettybase)
perl(Bio::PopGen::Individual)
perl(Bio::PopGen::IndividualI)
perl(Bio::PopGen::Marker)
perl(Bio::PopGen::MarkerI)
perl(Bio::PopGen::PopStats)
perl(Bio::PopGen::Population)
perl(Bio::PopGen::PopulationI)
perl(Bio::PopGen::Simulation::Coalescent)
perl(Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift)
perl(Bio::PopGen::Statistics)
perl(Bio::PopGen::TagHaplotype)
perl(Bio::PopGen::Utilities)
perl(Bio::PrimarySeq)
perl(Bio::PrimarySeq::Fasta)
perl(Bio::PrimarySeqI)
perl(Bio::PullParserI)
perl(Bio::Range)
perl(Bio::RangeI)
perl(Bio::Restriction::Analysis)
perl(Bio::Restriction::Enzyme)
perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut)
perl(Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite)
perl(Bio::Restriction::EnzymeCollection)
perl(Bio::Restriction::EnzymeI)
perl(Bio::Restriction::IO)
perl(Bio::Restriction::IO::bairoch)
perl(Bio::Restriction::IO::base)
perl(Bio::Restriction::IO::itype2)
perl(Bio::Restriction::IO::prototype)
perl(Bio::Restriction::IO::withrefm)
perl(Bio::Root::Build)
perl(Bio::Root::Exception)
perl(Bio::Root::HTTPget)
perl(Bio::Root::IO)
perl(Bio::Root::Root)
perl(Bio::Root::RootI)
perl(Bio::Root::Storable)
perl(Bio::Root::Test)
perl(Bio::Root::TestObject)
perl(Bio::Root::Utilities)
perl(Bio::Root::Version)
perl(Bio::Search::BlastStatistics)
perl(Bio::Search::BlastUtils)
perl(Bio::Search::DatabaseI)
perl(Bio::Search::GenericDatabase)
perl(Bio::Search::GenericStatistics)
perl(Bio::Search::HSP::BlastHSP)
perl(Bio::Search::HSP::BlastPullHSP)
perl(Bio::Search::HSP::FastaHSP)
perl(Bio::Search::HSP::GenericHSP)
perl(Bio::Search::HSP::HMMERHSP)
perl(Bio::Search::HSP::HSPFactory)
perl(Bio::Search::HSP::HSPI)
perl(Bio::Search::HSP::HmmpfamHSP)
perl(Bio::Search::HSP::ModelHSP)
perl(Bio::Search::HSP::PSLHSP)
perl(Bio::Search::HSP::PsiBlastHSP)
perl(Bio::Search::HSP::PullHSPI)
perl(Bio::Search::HSP::WABAHSP)
perl(Bio::Search::Hit::BlastHit)
perl(Bio::Search::Hit::BlastPullHit)
perl(Bio::Search::Hit::Fasta)
perl(Bio::Search::Hit::GenericHit)
perl(Bio::Search::Hit::HMMERHit)
perl(Bio::Search::Hit::HitFactory)
perl(Bio::Search::Hit::HitI)
perl(Bio::Search::Hit::HmmpfamHit)
perl(Bio::Search::Hit::ModelHit)
perl(Bio::Search::Hit::PsiBlastHit)
perl(Bio::Search::Hit::PullHitI)
perl(Bio::Search::Hit::hmmer3Hit)
perl(Bio::Search::Iteration::GenericIteration)
perl(Bio::Search::Iteration::IterationI)
perl(Bio::Search::Processor)
perl(Bio::Search::Result::BlastPullResult)
perl(Bio::Search::Result::BlastResult)
perl(Bio::Search::Result::CrossMatchResult)
perl(Bio::Search::Result::GenericResult)
perl(Bio::Search::Result::HMMERResult)
perl(Bio::Search::Result::HmmpfamResult)
perl(Bio::Search::Result::INFERNALResult)
perl(Bio::Search::Result::PullResultI)
perl(Bio::Search::Result::ResultFactory)
perl(Bio::Search::Result::ResultI)
perl(Bio::Search::Result::WABAResult)
perl(Bio::Search::Result::hmmer3Result)
perl(Bio::Search::SearchUtils)
perl(Bio::Search::StatisticsI)
perl(Bio::Search::Tiling::MapTileUtils)
perl(Bio::Search::Tiling::MapTiling)
perl(Bio::Search::Tiling::TilingI)
perl(Bio::SearchDist)
perl(Bio::SearchIO)
perl(Bio::SearchIO::EventHandlerI)
perl(Bio::SearchIO::FastHitEventBuilder)
perl(Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder)
perl(Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder)
perl(Bio::SearchIO::SearchWriterI)
perl(Bio::SearchIO::Writer::GbrowseGFF)
perl(Bio::SearchIO::Writer::HSPTableWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::HTMLResultWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::HitTableWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::ResultTableWriter)
perl(Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter)
perl(Bio::SearchIO::axt)
perl(Bio::SearchIO::blast)
perl(Bio::SearchIO::blast_pull)
perl(Bio::SearchIO::blasttable)
perl(Bio::SearchIO::cross_match)
perl(Bio::SearchIO::erpin)
perl(Bio::SearchIO::exonerate)
perl(Bio::SearchIO::fasta)
perl(Bio::SearchIO::gmap_f9)
perl(Bio::SearchIO::hmmer)
perl(Bio::SearchIO::hmmer2)
perl(Bio::SearchIO::hmmer3)
perl(Bio::SearchIO::hmmer_pull)
perl(Bio::SearchIO::infernal)
perl(Bio::SearchIO::megablast)
perl(Bio::SearchIO::psl)
perl(Bio::SearchIO::rnamotif)
perl(Bio::SearchIO::sim4)
perl(Bio::SearchIO::waba)
perl(Bio::SearchIO::wise)
perl(Bio::Seq)
perl(Bio::Seq::BaseSeqProcessor)
perl(Bio::Seq::EncodedSeq)
perl(Bio::Seq::LargeLocatableSeq)
perl(Bio::Seq::LargePrimarySeq)
perl(Bio::Seq::LargeSeq)
perl(Bio::Seq::LargeSeqI)
perl(Bio::Seq::Meta)
perl(Bio::Seq::Meta::Array)
perl(Bio::Seq::MetaI)
perl(Bio::Seq::PrimaryQual)
perl(Bio::Seq::PrimaryQual::Qual)
perl(Bio::Seq::PrimedSeq)
perl(Bio::Seq::QualI)
perl(Bio::Seq::Quality)
perl(Bio::Seq::RichSeq)
perl(Bio::Seq::RichSeqI)
perl(Bio::Seq::SeqBuilder)
perl(Bio::Seq::SeqFactory)
perl(Bio::Seq::SeqFastaSpeedFactory)
perl(Bio::Seq::SeqWithQuality)
perl(Bio::Seq::SequenceTrace)
perl(Bio::Seq::SimulatedRead)
perl(Bio::Seq::TraceI)
perl(Bio::SeqAnalysisParserI)
perl(Bio::SeqEvolution::DNAPoint)
perl(Bio::SeqEvolution::EvolutionI)
perl(Bio::SeqEvolution::Factory)
perl(Bio::SeqFeature::Amplicon)
perl(Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor)
perl(Bio::SeqFeature::Collection)
perl(Bio::SeqFeature::CollectionI)
perl(Bio::SeqFeature::Computation)
perl(Bio::SeqFeature::FeaturePair)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Exon)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::ExonI)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Intron)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::NC_Feature)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Promoter)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::Transcript)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI)
perl(Bio::SeqFeature::Gene::UTR)
perl(Bio::SeqFeature::Generic)
perl(Bio::SeqFeature::Lite)
perl(Bio::SeqFeature::PositionProxy)
perl(Bio::SeqFeature::Primer)
perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Oligo)
perl(Bio::SeqFeature::SiRNA::Pair)
perl(Bio::SeqFeature::Similarity)
perl(Bio::SeqFeature::SimilarityPair)
perl(Bio::SeqFeature::SubSeq)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::FeatureNamer)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::IDHandler)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper)
perl(Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener)
perl(Bio::SeqFeature::TypedSeqFeatureI)
perl(Bio::SeqFeatureI)
perl(Bio::SeqI)
perl(Bio::SeqIO)
perl(Bio::SeqIO::FTHelper)
perl(Bio::SeqIO::Handler::GenericRichSeqHandler)
perl(Bio::SeqIO::MultiFile)
perl(Bio::SeqIO::abi)
perl(Bio::SeqIO::ace)
perl(Bio::SeqIO::agave)
perl(Bio::SeqIO::alf)
perl(Bio::SeqIO::asciitree)
perl(Bio::SeqIO::bsml)
perl(Bio::SeqIO::bsml_sax)
perl(Bio::SeqIO::chadoxml)
perl(Bio::SeqIO::chaos)
perl(Bio::SeqIO::chaosxml)
perl(Bio::SeqIO::ctf)
perl(Bio::SeqIO::embl)
perl(Bio::SeqIO::embldriver)
perl(Bio::SeqIO::entrezgene)
perl(Bio::SeqIO::excel)
perl(Bio::SeqIO::exp)
perl(Bio::SeqIO::fasta)
perl(Bio::SeqIO::fastq)
perl(Bio::SeqIO::flybase_chadoxml)
perl(Bio::SeqIO::game)
perl(Bio::SeqIO::game::featHandler)
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